En 1997 con cooperación técnica de la Organización Panamericana de la Salud/Organización Mundial de la Salud (OPS/OMS) el INS elaboró un proyecto de fortalecimiento institucional con el propósito de desarrollar la capacidad del Instituto, para ejercer liderazgo y mejorar la conducción, en el ámbito nacional, en los aspectos de formación y capacitación de los RRHH., la investigación en servicios de salud y la administración de la información científica en salud.

En abril de 2004, se promulga la ley 2.385/04 que reconoce al INS como Instituto Superior de Formación de Recursos Humanos e Investigación del Área de la Salud con la facultad para ejecutar programas de Postgrado en la formación de Recursos Humanos e Investigación del Área de la Salud y a expedir el título de Maestría en el campo de la Salud Pública.

El Instituto Nacional de Salud, es considerada una institución estratégica en el marco del proyecto de reforma del sector salud por el potencial que le corresponde desarrollar a través de su Misión.

Tanto la Reforma del Estado, como la descentralización y la organización sec­torial son procesos prioritarios en Paraguay, como en otros países de la Re­gión, y es por esto, que el rol de las principales instituciones del Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social en la que se incluye el Instituto Nacional de Salud, debe ser fortalecido para garantizar el ejercicio del papel rector del MSP y BS en el Sector Salud.