El Instituto Nacional de Salud tuvo su inicio con la creación del Centro de Formación de Auxiliares de Enfermería (C.E.N.F.A.E.)
En 1.958 se aprueba el plan para la realización del curso de Auxiliar de Enfermería y se autoriza su funcionamiento dependiente del Dpto. de Promoción Profesional del Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social, en el edificio ubicado en la calle Brasil esquina Fulgencio. R. Moreno.
En 1.959 se aprueba el Reglamento del Centro de Formación de Auxiliares de Enfermería, actualizandose en el año 1.980
Directoras del C.E.N.F.A.E. desde el inicio hasta su clausura:
- 1era. Lic. en Enfermería Jovita Vera
- 2da. Lic. en Enfermería Josefa Bareiro
- 3ra. Lic. en Obstetricia Florencia de Arnold
- 4ta. Lic. en Enfermería y Obstetricia Leonidas Adorno de Veloso
En 1.975 se crea la Escuela de Auxiliares de Obstetricia Rural (Resolución S.G. Nº 4/75) dependiente del Dpto. Normativo del MSPyBS, siendo el Director de la Escuela el Dr. Santiago Codas sucediéndole la Dra. Elizabeth Achinelli de Cáceres.
En 1.982 se crea el Dpto. de Recursos Humanos dependiente de la Dirección General de Salud del M.S.P. y B.S.
En 1.987 el C.EN.F.A.E. y la Escuela de Auxiliar de Obstetricia Rural pasan a depender del Departamento de Recursos Humanos del M.S.P. y B.S. por Resolución Nº 7/87.
En 1.989 ambas escuelas pasan a constituir el Centro Nacional de Formación y Capacitación, siendo Director el Dr. Jorge Massare, sucediéndole la Dra. Stella Moreno de Servín, la Dra. Elizabeth de Caceres y la Lic. Florencia de Arnold. Por resolución S.G. Nº 444/92 se deja sin efecto la creación de la Escuela Auxiliar de Obstetricia Rural y se denominan cursos de Auxiliar de Enfermería a los que organizan regularmente el Centro Nacional de Formación y Capacitación.
En 1.992 se aprueba el nuevo diseño curricular para el curso de Auxiliares de Enfermería, poniendo en funcionamiento tres cursos bajo la coordinación de la Lic. Irene de Fernandéz. (Resolución S.G. Nº 249/92.)
En 1.993 pasa la coordinación a la Lic. Gladys Teresa Valls con dos cursos.
Ese mismo año pasa a ser Instituto de Nacional de Capacitación en Salud, siendo Director el Dr. Fernando Rocholl, Coordinadora General de los cursos de Auxiliares de Enfermería la Lic. Francisca Sosa y encargada de área la Lic. Susana Um King de Orué.
En 1.994 por Resolución S.G.Nº 41/94 se constituye el Instituto Nacional de Salud siendo la Directora la Dra. Stella Moreno de Servín, sucediéndole las Doctoras Teresa de Aguayo, María Elsa Paredes de Battaglia, la Dra. Rosa Perla Gamarra y el Prof. Dr. José Marin Massolo.
En 1.995 se pone en práctica un Plan Piloto de Descentralización para los Cursos de Auxiliar de Enfermería, con asiento en la XIa. Región Sanitaria, de San Lorenzo, bajo la coordinación de la Lic. Elba de Torres, comisionándose al cuerpo de instructoras para dicha actividad. Quedando en esta Institución los Cursos de otras áreas Ej. Técnico en Hemoterapia, Radiología, Laboratorio Clínico, Hemodiálisis, Instrumentación Quirúrgica, Anestesia, Auxiliar y Técnico Optico, etc.
En 1.998 se crea la Unidad de Desarrollo Institucional para la reestructuración y Fortalecimiento de Instituto Nacional de Salud. Res. MSPBS 65/98, de fecha 6 de febrero de 1998.
Aprobación del Reglamento para formación y capacitación de los Recursos Humanos de los niveles Técnicos, Auxiliares y de Servicios Generales de las Instituciones Pública y Privadas del Sector Salud. Res. MSPBS 174/98, de fecha 18 de marzo de 1998.
En el 2.000 se crea la Biblioteca Nacional de Salud dependiente del INS y Centro Coordinador Nacional de Bibliotecas de Salud del Paraguay (CCN) Componente de la Red Latinoamericana y del Caribe de información en Ciencias de la Salud. OPS/OMS – BIREME – Biblioteca Virtual de Salud (BVS). Res. MSPBS 107/00, de fecha 6 de marzo de 2.000.
Reconocimiento como Instituto de Formación Profesional del Tercer Nivel en el Área de Salud, con autorización a expedir títulos de hasta Técnico superior. Res MEC 8015/00, de fecha 25 de julio de 2.000.
Aprobación del Reglamento Académico de los Cursos de Postgrado. Res. MSPBS 200/00, de fecha 26 de abril de 2.000.
En el 2002 se aprueban las modificaciones del Reglamento de los Cursos de Postgrado desarrollado y/o aprobados por el INS, así como el reglamento de Tesis. Res. MSPBS 547/02, de fecha 15 de julio de 2.002.
En el 2003 se aprueban las modificaciones del Reglamento de Curso de Formación Profesional y Capacitación del Nivel Técnico Superior, Auxiliar y de Servicios Generales de Instituciones Públicas y Privadas en el Sector Salud. Res. MSPBS 31/03, de fecha 8 de setiembre de 2.003.
En el 2004, Reconocimiento como Instituto Superior de Formación de Recursos Humanos e Investigación del Área de la Salud con la facultad para ejecutar programas de Postgrado en la formación de Recursos Humanos e Investigación del Área de la Salud y a expedir el título de Maestría en el campo de la Salud Pública. Ley 2.385/04, 30 de abril de 2.004.
Firma del Convenio de Cooperación Interinstitucional entre el Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social y el Ministerio de Educación y Cultura, en fecha 22 de setiembre de 2.004.
En el 2.006, aprobación de modificaciones del Reglamento Académico de regulación de Carreras del Tercer Nivel, Nivel Auxiliar y de Servicios Generales en el área de la Salud. Res. MSPBS 142/06, de fecha 13 de marzo de 2.006
En la actualidad el Instituto Nacional de Salud se ocupa de la Rectoría de la formación y capacitación de los RR.HH del Sector Salud, en los niveles de Servicios Generales, Auxiliar, Técnico Superior, Postgrado y Maestría en Salud Pública.
En el 2010, Se establece la conformación actual de la CONAREM. Res. MSPBS N° 62/2010, 18 de febrero de 2010.
En el 2011, Se establece la obligatoriedad de la realización de Pasantía Rural de Especialistas”. Res. MSPBS N° 277/2011.
En el 2013, Se aprueba la Ley de Educación Superior N° 4995/2013, con la cual se derogan artículos del Código Sanitario referentes a la Rectoría a los Institutos Técnicos Superiores, afectando las funciones del INS.
Se modifica el organigrama del INS, con lo cual se crea la Dirección de Residencias Médicas y Pasantías Rurales, con los siguientes Departamentos: Dpto. de Acreditación, Dpto. de Seguimiento y Evaluación y Dpto. de Pasantías Rurales.
En el 2014, Se asigna la función operativa de la CONAREM a la Dirección de Residencias y Pasantías Rurales. Res. MSPBS N° 220/2014.
Se da inicio a las Pasantías Rurales de Médicos Especialistas, en cumplimiento de la Resolución SG N° 277/2011.
Se aprueba el Reglamento de Pasantías Rurales de Médicos Especialistas. Res. MSPBS N° 1161/2014, modificado posteriormente por las Resoluciones MSPBS N° 1186/2015 y por la Resolución MSPBS N° 438/2018.